Ян Хаммер родился в 1948 году в Праге. С детства увлекался игрой на джазовом фортепиано. После участия в одном музыкальном конкурсе, Хаммер поступил в Музыкальный колледж Беркли и получил стипендию. В начале 1970-х выступал вместе с Джерри Гудменом, Элвином Джонсоном и Сарой Вон. С 1971 года Хаммер стал участником прогрессивной рок-группы Mahavishnu Orchestra, с которой выпустил несколько альбомов.
В 1980-х годах Хаммер работал на телевидении, где записал известное музыкальное сопровождение к телесериалу Полиция Майами. Этот саундтрек был продан более 7 миллионов раз по всему миру и стал платиновым.